このせいではまったという話
Windowsではファイル名の大文字小文字を区別しない。そのために大文字小文字が違っていても同じファイルとみなされ同じフォルダには作成できない。tarアーカイブを解凍してはまった。
例を挙げるなら
aaa.txt
AaA.txt
以上のファイルはUNIX上では存在できるがWindows上では後からのファイルで上書きされてしまう。
今回はこのはまりに気づかずに（というかアーカイブ解凍後のCDを渡されたのがそもそもの発端だが）おかしなことになってしまった。
CD-Rで焼くためにWindowsに持ってくる場合はアーカイブのままにしておくこと。
決して解凍してはいけない。