7/13にWindows2000のサポート期限終了。
未だに企業でも使っているところが多く、かと言って最新バージョンに移行するコストもないというケースが多いと思われる。
結局今後発見されるセキュリティに対して無防備になるというだけなので、スタンドアロンで使っている分には問題ないと思われる。ってもスタンドアロンで使うこと自体ないと思うけど。
ネットにつながっている場合は別途ファイヤーウォールなどでポートをふさいで、該当端末からのネットアクセスは禁止するなどの対策を講じつつ、徐々に移行させていくのがベストだとおもう。
Hyper-Vとかで2000動かしつつ、移行実験も兼ねてホストOSにアプリ移行がいいんでは？