JR東日本が運営するえきねっととJR西日本が運営するe5489
会社が違うのでシステムも違い、クレジット決済のタイミングも違う。
両方ともクレジット決済する場合は決済カードの登録と受け取り時に予約時の登録カードが必要。予約が残っているのに登録クレジットカードを変更してしまうと混乱の元なのでなるべく一枚のクレジットカードにすべし。
なお、クレジットカード紛失などの不測の事態があった場合は、窓口で発見してもらえる救済措置はある模様。
違うのが決済のタイミングでe5489の場合や予約確定のタイミングで切符料金が引き落としが走るようで予約日＝明細上の購入日になる。
えきねっとの場合は券売機で受け取った日が明細上の購入日となる。
いち早く売り上げを回収できるという意味ではe5489のほうが会社にとっていいというわけで、さすがJR西日本ということか？
追記：えきねっとも2021/06/27のシステム変更により予約の申込み完了にクレジットカード決済が走るようになった。