脆弱性対応が必要だったのでpukiwikiをバージョンアップ！
基本的に新しいアーカイブの場所に以下のフォルダをコピーするだけなのだが、いろいろカスタマイズしている場合はその他のファイルの書き換えが必要。
新しいpukiwikiディレクトリにいるとして、同じ階層にwikiディレクトリが移行元とすると以下のコマンドを実施して、パーミッションを調整すると移行される。
rm -rf attach/ backup/ diff/ cache/ wiki/ counter/ cp -ir ../wiki/wiki ./ cp -ir ../wiki/attach ./ cp -ir ../wiki/backup ./ cp -ir ../wiki/diff ./ cp -ir ../wiki/cache/ ./ cp -ir ../wiki/counter ./
自分の場合その他read_auth/edit_auth(閲覧制限と編集制限しておかないとSPAMだらけに・・・）やnowikinameなどのカスタマイズをしているため、pukiwiki.ini.phpを更新した。